متوكل، چهارده سال و نه ماه حكومت كرد و در تمام اين سال ها شيعيان را روز به روز در تنگناي بيشتر قرار داد. به دستور او بود كه قبر سالار شهيدان، حضرت اباعبدالله الحسين (عليه السلام) در كربلا تخريب شد و مردم را از زيارت آن حضرت منع كردند. وي هر كس از علويان را كه احساس مي كرد ممكن است خطري براي خلافت داشته باشد، تضعيف كرده و از ميان برمي داشت. كه نام عده اي از بزرگان علويان كه به دست او كشته شده اند در مقاتل الطالبين ذكر شده است.

او بزرگان شيعه و دوست داران اهل بيت (عليهم السلام) را نيز از ميان برمي داشت. نمونه ي روشن اين اقدامات، در برخورد متوكل با ابن سكيت (م.244هـ) به خوبي مشاهده مي شود. روزي متوكل با اشاره به دو فرزند خود از او پرسيد: اين دو فرزند من نزد تو محبوب ترند يا حسن و حسين (عليهما السلام)؟ ابن سكيت ـ كه معلم فرزندان متوكل و از ياران با وفاي امام هادي (عليه السلام) بود ـ از اين سخن برآشفت و بي درنگ گفت: به خدا سوگند، قنبر غلام علي (عليه السلام) در نظر من از تو و دو فرزندت بهتر است. متوكل بي درنگ دستور داد زبان او را از پشت سر او بيرون كشيدند.

وي حتي روايت حديث در فضايل اهل بيت (عليهم السلام) را هم بر نمي تافت. روزي نصر بن علي جهضمي را به علت روايت حديثي، در فضايل آل عبا (عليهم السلام) هزار تازيانه زد تا آن كه اطرافيان شهادت دادند كه او از اهل سنت است.

در زمان او به دستورش، فرماندار مصر، آل ابي طالب را از اين شهر به عراق تبعيد كرد تا دستگاه خلافت، تسلط بيشتري روي آنان داشته باشد. وي همچنين، علويان و شيعيان را در تنگناي اقتصادي شديدي قرار داد. اين فشار به قدري بود كه نقل است در آن زمان گروهي از بانوان علوي در مدينه، حتي يك دست لباس درست بر تن نداشتند كه در آن نماز بگذارند و فقط، يك پيراهن مندرس برايشان باقي مانده بود كه به هنگام نماز به نوبت از آن استفاده مي كردند. با چرخ ريسي، روزگار مي گذرانيدند و پيوسته چنين بودند تا متوكل به هلاكت رسيد. متوكل هم چنين دارايي علويان را كه ملك فدك بود، مصادره كرد كه در آن بالغ بر 24 هزار دينار بوده است. او به حاكم مصر دستور داد تا با علويان بر اساس قواعد زير برخورد كند:

1. به هيچ يك از علويان، هيچ گونه ملكي داده نشود.

2. علويان اجازه ي داشتن بيش از يك برده ندارند.

3. چنانچه دعوايي بين يك علوي و غيرعلوي باشد، قاضي نخست به سخن غير علوي گوش داده، سپس بدون گفتگو، حكم صادر كند.

واضح است كه همه ي اين فشارها و تضييقات، در سير تاريخي تشيع و جريان تكاملي علوم اسلامي ـ كه ائمه پرچم دار آن بودند ـ تأثير مستقيم داشته است. در زمان هايي كه علوي بودن و حتي دوست دار اهل بيت بودن، يك جرم بزرگ تلقي مي شد و هيچ كس حتي علماي اهل سنت جرأت نقل روايتي در فضايل اهل بيت (عليهم السلام) را نداشتند و كسي جرأت نزديك شدن به امام معصوم را نداشت. روشن است كه نقل و انتقال علوم ـ به طور عام ـ و دانش هاي حديثي ـ به طور خاص ـ دچار وقفه شده و مشكلات زيادي براي دانشمندان پديد مي آيد و همان گونه كه قبلاً گفتيم، در فرصت هاي محدودي هم كه گه گاه دور از چشمان مأموران دستگاه خلافت پيش مي آمد، فقط فرصت طرح مسايل مهم و پيچيده ي فقهي وجود داشت و اصحاب نمي توانستند مسايل علم الحديثي خود را هم مطرح كنند چرا كه اين مسايل بعد از مسايل اعتقادي و فقهي و... در درجه ي چندم اهميت قرار دارند؛ فلذا نتيجه ي همه ي اين شرايط اين شد كه امام (عليه السلام) نتوانست قواعد علم الحديث را براي اصحاب خود به تفصيل بيان كند.