در دوران زندگي امام هادي (عليه السلام)، يك سري مسايل و مشكلات فكري نيز جامعه ي تشيع را تهديد مي كرد؛ مسايلي از قبيل پيدايش فرقه هاي متعدد كلامي، فعاليت شديد غلات و... كه مسئوليت مبارزه با آن ها و پاسخ گويي به شبهاتي كه پيروان اين فرقه ها مطرح مي كردند، همه و همه با امام هادي (عليه السلام) بود كه در رأس جامعه، تشيع قرار داشتند؛ لذا پرداختن به اين گونه مسايل كه در نوع خود در آن زمان بسيار مهمتر از ساير مسايل بود، مانع آن شد كه امام به مسايل ديگر از قبيل مسايل علم الحديثي روي بياورند.

در زير به شرح مواردي از اين قبيل مسايل فكري كه در آن زمان جامعه ي تشيع را تهديد مي كرد، مي پردازيم: