كرامات زيادي از اين فرزند بزرگوار امام هادي(ع) ديده شده است، ميرزا حسين نوري در النجم الثاقب مي نويسد:

سيد محمد صاحب كرامات متواتر است و حتي نزد اهل سنت هم معروف است. مردم عراق حتي اعراب باديه نشين هم مي ترسند به نام او قسم ياد كنند. اگر آنها را به برداشتن مالي متهم كنند، آن را بر مي گردانند، ولي به سيد محمد قسم نمي خورند؛ زيرا عذاب آن را ديده اند. [1] .

تعدادي از علما، درباره كرامات سيد محمد كتاب هايي نوشته اند؛ از جمله: رساله اي در كرامات سيد محمد بن علي الهادي، تأليف مهدي آل عبد الغفار كشميري. در اينجا به نمونه اي از كرامات وي اشاره مي شود:

علامه سيد هادي خراساني بجستاني [2] از سيد حسن آل خوجه، از خدام آستانه عسكريين (ع)، نقل مي كند:

در صحن شريف ابي جعفر سيد محمد نشسته بودم. متوجه شدم شخصي عرب در حالي كه يكي از دست هايش را به گردن بسته بود، وارد آستانه شد. نزديك رفتم و از علت مريضي او سؤال كردم. در جوابم گفت: سال گذشته، روزي به منزل خواهرم رفتم. ديدم در حياط، گوسفندي بسته است. خواستم ذبح كنم و بخورم، خواهرم اجازه نداد و گفت: اين گوسفند نذر سيد محمد است. من به حرف او توجه نكردم و آن را ذبح كردم، پس از سه روز آثار شلي در دستم نمايان و روز به روز بدتر شد. من متوجه علت آن نبودم، تا اينكه در اين اواخر متوجه عملم شدم. حالا هم پشيمانم و براي شفا به آستانه سيد محمد آمدم. سپس با همراهان وارد حرم شد و شروع به گريه و زاري كردند. پس از ساعتي ديدم دستش را حركت مي دهد. سجده شكر به جا آورد و نذر كرد هر سال گوسفندي بياورد و به نيت سيد محمد ذبح كند. [3] .