اما وضع ديني در زمان امام هادي عليه السلام، پريشان و مضطرب بود. بسياري از شكوك و اوهام در پيرامون عقايد اسلامي به وجود آمد كه تمام اينها را نيروهاي كينه توز و مخالف اسلام به وجود آوردند، از طرفي دانشمندان اسلامي و در پيشاپيش همه، امام هادي عليه السلام، تضعيف و رد و بطلان آنها را بر عهده گرفتند كه ما در مباحث كلامي امام عليه السلام، آنها را بيان كرديم.