از شيوه هاي زيباي تربيتي امام هادي(ع)، استفاده از ابزار دعا و راز و نياز و آموزش آن به افراد براي هدايت آنان بود. دعا و نيايش را مي توان گرايش روح آدمي به مبدأ هستي دانست كه به صورت تضرّع يا درخواست كمك يا كشف شهود عارفانه بروز مي كند. نيايش يك حالت عرفاني است كه در آن وجود آدمي مجذوب خداوند مي شود و امام هادي(ع) از اين شيوه تربيتي براي اتصال و عروج انسان ها به سوي آستانه ربوبيّت، بهره مي جستند. نقل است كه امام هادي(ع) شب هنگام، به سوي پروردگارشان روي مي آوردند و شب را با حالت خشوع و خضوع به پايان مي رساندند و بين پيشاني نوراني اش و زمين جز سنگريزه و خاك حائلي نبود و پيوسته اين دعا را تكرار مي كردند:

«الهي مُسيٌء قد وَرَدَ، و فقيرٌ قد قَصَدَ، لا تُخيِّبْ مسعاه و ارحَمهُ و اغفرلَه خَطاهُ...؛ [1] بار الها! گنهكاري بر تو وارد شده است و تهيدستي به سوي تو روي آورده است. تلاش او را بدون نتيجه مگردان و او را مورد عنايت و رحمت خويش قرار ده و از لغزش او درگذر».

امام هادي(ع) همواره به دوستان خويش سفارش مي كرد كه از دعا و نيايش غفلت نكنند؛ زيرا دعا و نيايش آثار عجيبي در سعادت دنيوي و اخروي انسان دارد و بدين گونه آنان را با خدا آشنا مي ساخت. اسحاق بن ابراهيم مي گويد: روزي كه در خدمت امام هادي(ع) بودم، يكي از برادران ايماني چنين عرض كرد: اي فرزند رسول خدا! به خانواده من اين درد ملعون بسيار روي مي آورد؟! حضرت فرمود: كدام درد؟ عرض كرد: دردسر. حضرت هادي(ع) فرمودند: يك كاسه آب بردار و بر آن اين آيه شريفه را بخوان: (وَلَمْ يَرَ الّذينَ كَفَرُوا أَنّ السّماواتِ وَ اْلأَرْضَ كانَتا رَتْقًا فَفَتَقْناهُما وَ جَعَلْنا مِنَ الْماءِ كُلّ شَيْ ءٍ حَيّ أَفَلا يُؤْمِنُونَ)؛ سپس آن را بياشام كه به خواست خداي سبحان زيان نخواهي ديد». [2] .

راوندي چنين نقل مي كند كه برخي از افراد به امام هادي(ع) نامه نوشتند و از صرعي كه كودك را مي گرفت، به حضرت شكايت كردند. امام هادي(ع) فرمودند:

«اُكتُب في وَرَقٌ وَعَلِّقهُ عليهِ، فَفَعَلَ، فَعُوفي بإذن الله و المكتوب هذا: بسم الله العلي العظيم الحليم الكريم القديم، الذَي لا يُزولُ أَََعوذُ بِعِزَّة الحَيَّ الَّذي لا يَمُوتُ مِن شَرِّ كُلِ حَيِّ يَموتُ؛ [3] اين دعا را در ورقي بنويس و بر او آويزان كن. او انجام داد و فرزندش به خواست خدا شفا يافت و دعا اين است: به نام خداوند والا مقام و بزرگ، بردبار و بخشنده و ازلي؛ آن كه هميشه هست. پنام مي برم به عزتمندي خداوند زنده اي كه نمي ميرد، از شر هر زنده اي كه مي ميرد».

علي بن محمد صيمري مي گويد: با دختر جعفر بن محمود كاتب ازدواج كردم. او را آن چنان دوست داشتم كه بي نظير بود. او فرزندي برايم نياورد. خدمت امام هادي(ع) رسيدم و از نازا بودن او شكوه كردم. امام هادي (ع) تبسمي كرد و فرمود: انگشتري كه نگين آن فيروزه باشد، بگير و بر آن چنين بنويس: (رَبّ ِ لا تَذَرْني فَرْدًا وَ أَنْتَ خَيْرُ الْوارِثينَ)؛ «پروردگارا! مرا تنها مگذار و تو بهترين ارث برندگاني» مي گويد: من به اين دستور عمل كردم، يك سال نشده بود كه خداوند پسري به من داد». [4] .