يكي از شيوه هاي رهبري امام هادي عليه السلام، مديريت مبارزات مخفيانه با حكومت استبدادي و طاغوتي عصر بود. آن حضرت اين كار را از راه هاي مختلفي انجام مي داد:

الف) محمد بن داود قمي و محمد طلحي نقل مي كنند: اموالي از قم و مناطق اطراف آن كه شامل وجوهات شرعي، نذورات، هدايا و جواهرات بود، براي امام هادي عليه السلام حمل مي كرديم. در راه پيك امام رسيد و به ما خبر داد كه باز گرديم؛ زيرا موقعيت براي تحويل اموال مناسب نيست. ما بازگشتيم و آن چه را نزدمان بود هم چنان نگه داشتيم. تا آن كه پس از مدتي امام دستور داد اموال را بر شتراني كه فرستاده بود، بار كنيم و آن ها را بدون ساربان به سوي آن حضرت روانه كنيم. ما اموال را به همين كيفيت حمل كرده و فرستاديم. بعد از مدتي كه به حضور امام عليه السلام رسيديم فرمود: «به اموالي كه فرستاده ايد بنگريد!» ديديم در خانه ي امام اموال به همان حال محفوظ است. [1] .

ب) محمد بن شرف مي گويد: «همراه امام هادي عليه السلام در مدينه راه مي رفتم. امام عليه السلام فرمود: آيا تو پسر «شرف » هستي؟ عرض كردم: آري. آن گاه خواستم از حضرت پرسشي كنم. امام عليه السلام از من پيشي گرفت و فرمود: «نحن علي قارعة الطريق و ليس هذا موضع المسألة؛ ما در حال عبور از شاهراه هستيم و اين محل براي طرح سؤال مناسب نيست.» [2] .

در موارد متعددي شبيه همين موارد آن حضرت فعاليت هايش را استتار كرده و دور از چشم عاملان حكومت انجام مي داد.