در زمان متوكل بارها به خانه حضرت هادي در مدينه و حتي در سامرا و معسكر هجوم بردند تا اسلحه و يا مواردي را كه نشان از توطئه ضد حكومت دارد به دست آورند ولي همواره شكست خورده و ناكام بازگشتند.

در گزارشي آمده است: مادر متوكل نسبت به مقام امام علي النقي (ع) اعتقادي به سزا داشت. روزي متوكل مريض شد و جراحتي پيدا كرد كه اطباء از علاجش درماندند. مادر متوكل نذر كرد اگر خليفه شفا يابد مال فراواني خدمت حضرت هادي (ع) هديه فرستد. در اين ميان به فتح بن خاقان كه از نزديكان متوكل بود گفت: يك نفر را بفرست كه از علي بن محمد درمان بخواهد شايد بهبودي يابد. وي كسي را خدمت آن حضرت فرستاد امام هادي فرمود: فلان دارو را بر جراحت او بگذاريد به اذن خدا بهبودي حاصل مي شود. چنين كردند، آن جراحت بهبودي يافت. مادر متوكل هزار دينار در يك كيسه چرمي سر به مهر خدمت امام هادي (ع) فرستاد. اتفاقا چند روزي از اين ماجرا نگذشته بود كه يكي از بدخواهان به متوكل خبر داد دينار فراواني در منزل علي بن محمد النقي ديده شده است. متوكل سعيد حاجب را به خانه آن حضرت فرستاد. آن مرد از بالاي بام با نردبان به خانه امام رفت. وقتي امام متوجه شد، فرمود همان جا باش چراغ بياورند تا آسيبي به تو نرسد. چراغي افروختند. آن مرد گويد: ديدم حضرت هادي به نماز شب مشغول است و بر روي سجاده نشسته. امام فرمود: خانه در اختيار توست. آن مرد خانه را تفتيش كرد. چيزي جز آن كيسه اي كه مادر متوكل به خانه امام فرستاده بود نيافت.

امام فرمودند: زير حصير شمشيري است آن را با اين دو كيسه بردار و به نزد متوكل ببرد.

در گزارش تاريخي ديگر به اين مساله به گونه اي جالب پرداخته شده كه بيانگر ترس خلافت عباسي از وجود آن حضرت (ع) و آگاهي و هوشياري امام نسبت به حساسيت هاي دولت بود. امام همواره مي كوشيد حساسيت دولت را بر نيانگيزد و آنان را نسبت به شيعيان تحريك نكند؛ به ويژه كه تفكر مهدويت و افزايش فشار رواني اين تفكر، موجب شده بود كه دولت نسبت به هرگونه رفتار امام (ع) و شيعيان حساس شود. در اين گزارش آمده است: روزي به متوكل خبر دادند كه:«حضرت علي بن محمد در خانه خود اسلحه و اموال بسيار جمع كرده و كاغذهاي زيادي را شيعيان او، از اهل قم، براي او فرستاده اند». متوكل از اين خبر وحشت كرد و به سعيد حاجب كه از نزديكان او بود دستور داد تا بي خبر وارد خانه امام شود و به تفتيش بپردازد.

اين قبيل مراقبتها پيوسته -در مدت 20سال كه حضرت هادي (ع) در سامره بودند- وجود داشت و نيز نوشته اند:«متوكل عباسي سپاه خود را كه نود هزار تن از اتراك بودند و در سامرا اقامت داشتند امر كرد كه هر كدام توبره اسب خود را از گل سرخ پر كنند، و در ميان بيابان وسيعي، در موضعي روي هم بريزند. ايشان چنين كردند و آن همه به منزله كوهي بزرگ شد. اسم آن را تل «مخالي» نهادند آنگاه خليفه بر آن تل بالا رفت و حضرت امام علي النقي (ع) را نيز به آنجا طلبيد و گفت: شما را اينجا خواستم تا سپاهيان من را مشاهده كنيد. او از پيش امر كرده بود كه لشكريان با آرايشهاي نظامي و اسلحه تمام و كمال حاضر شوند، و غرض او آن بود كه شوكت و اقتدار خود را بنماياند، تا مبادا آن حضرت يا يكي از اهل بيت او اراده خروج بر او نكنند.»

در اين مدت 20سال زندگي امام هادي (ع) در سامرا، كارگزاران حكومت عباسي، مستقيم و غيرمستقيم، چشم مراقبت بر حوادث زندگي امام و رفت و آمدهايي كه در اقامتگاه امام (ع) مي شد، داشتند از جمله:«از حضور جماعتي از بني عباس، به هنگام فوت فرزند امام دهم، حضرت سيدمحمد- كه حرم مطهر وي در نزديكي سامرا (بلد) معروف و مزار است- ياد شده است. اين نكته نيز مي رساند كه افرادي از بستگان و مأموران خلافت، همواره به منزل امام سر مي زده اند».

امام هادي (ع) با اين كه از هر سوي تحت مراقبت و بازداشت خانگي بوده، اما شاگرداني را تربيت كرد تا با حضور در مناطق مختلف جهان انديشه هاي شيعي و تفكر نظام ولايي و حكومت عدالت محور مهدوي را منتشر كنند. از جمله شاگردان به نام آن حضرت را مي توان به عبدالعظيم حسني مدفون در شهر ري اشاره كرد. وي افزون بر اين كه در همه جا به عنوان وكيل و نايب خاص حضور مي يافت تشكيلات ري و مازندران و عراق عجم را مديريت مي كرد و به همين جهت تحت پيگرد دولت عباسي قرار داشت و همواره در حال جنگ و گريز بود.

امام هادي (ع) از سال 143 تا زمان شهادت در سامرا در بازداشت بود. اين مدت كه از سوي بسياري از مورخان ذكر شده نشان مي دهد كه امام هادي (ع) بيش از 11سال در بازداشت خانگي بسر برده است.

هرچند كه برخي علت آن را نمامي ها و سخن چيني هاي واليان مدينه و مكه و يا دولت مردان وابسته در بغداد مي دانند ولي به نظر مي رسد كه ريشه اصلي بازداشت، تفكر مهدويت بوده است كه در جامعه ريشه داشته است. اين تفكر بيان مي داشت كه به زودي فرزندي از نسل امام حسين (ع) زاده خواهد شد كه حكومت جهاني عدالت محور را ايجاد و بر پا خواهد داشت. اين بدان معنا بود كه فرزندي كه به دنيا مي آيد فرزندي از فرزندان امام هادي (ع) است. از اين رو حضرت امام هادي (ع) و نيز فرزندش حسن عسكري در معسكر و در ميان پادگان نظامي سامرا در بازداشت خانگي بودند تا هرگونه حركات ايشان زيرنظر مستقيم نظاميان كاركشته باشد. اين بدان معناست كه آنان احساس خطري كه داشتند به جهت تفكر مهدويت و زاده شدن فرزندي موسي وش بوده است كه دولت عباسي را به عنوان دولت جور و ظلم سرنگون مي كرد. اين گونه است كه بازداشت آن حضرت به اين شكل همانند فرزندش ادامه مي يابد. چنين روش محدوديت ساز نسبت به ديگر امامان (ع) كم تر انجام مي شد. به ويژه كه امام حسن عسكري و پدرش امام هادي (ع) مي كوشيدند به جهت حساسيت دولت نسبت به ايشان به خاطر همان تفكر مهدويت از هرگونه عمل تحريك آميز خودداري كنند. از اين رو مي بايست فشار رواني تفكر مهدويت را عامل مهمي در بازداشت خانگي آن حضرت و فرزندش به شمار آورد هرچند كه براي ايجاد اين گونه محدوديت ها، نيازمند توجيه و بهانه بودند. بر اين اساس مي توان گفت كه نامه ها و بدخواهي ها، تنها به عنوان عامل مباشر و توجيهي نقش داشته است و آن چه موجب بازداشت آن حضرت و فرزندش در پادگان نظامي بود در حقيقت تفكرمهدويت بود.

امام هادي (ع) در حكومت منتصر كه بيش از شش ماه نيانجاميد و هم چنين مستعين و معتز عباسي در زندان و بازداشت به سر برد.

امام دهم، حضرت هادي (ع) در سال 254 هجري توسط معتزعباسي به وسيله زهر در حالي به شهادت رسيد كه فقط فرزندش امام حسن عسكري بر بالين او حاضر بود. آن حضرت در همان خانه اي كه در آن يازده سال زنداني و تحت نظر بود، سرانجام به خاك سپرده شد.