از ديگر نقش هاي محوري امام هادي(ع) در هدايت جامعه شيعي، تقويت مراكز علمي بود كه در حقيقت هدايت و سرپرستي غيرمستقيم آن حضرت براي پيروان اهل بيت بود. حضرت گاهي درباره مقدس بودن يك سرزمين و گاهي درباره مردم آن و گاهي هم درباره علما و دانشمندان و لزوم پيروي از آنها، سخنان ارزشمندي را بيان مي فرمودند؛ مثلاً درباره قم چند روايت از امام هادي(ع) نقل شده كه بيانگر اين مدعا است؛ اگر چه غير مستقيم حضرت به موارد ياد شده اشاره فرموده است.

مفيد در اختصاص نقل كرده كه از علي بن محمد عسكري(ع) از پدر از جدش اميرمؤمنان از رسول خدا(ص) نقل شده كه فرمود: وقتي كه مرا به آسمان چهارم مي بردند، نگاهم به گنبدي از لؤلؤ افتاد كه چهار گوشه داشت و چهار درب را ديدم كه همه اش از استبرق سبز بود.

به جبرئيل گفتم: اين گنبد چيست كه در آسمان چهارم چيزي بهتر از آن نيافتم؟

گفت: حبيب من، اي محمد! اين صورت و نقش شهري است كه به آن قم گفته مي شود و در آن بندگان مؤمن به خدا جمع شوند و منتظر شفاعت محمد(ص) در قيامت هستند و پيوسته همّ و غم و اندوه پي در پي بر آنها جاري مي شود.

گويد: از علي بن محمد عسكري پرسيدم: چه هنگام اينان منتظر فرج خواهند بود؟

امام فرمود: زماني كه آب بر آن سرزمين جاري شود. [1] .

در روايت ديگري از حضرت عبدالعظيم حسني روايت شده: از علي بن محمد عسكري(ع) شنيدم كه مي فرمود: اهل قم و اهل آبه (آوه) آمرزيده شده هستند؛ زيرا به زيارت جدم علي بن موسي الرضا به طوس مي روند. [2] .

امام هادي(ع) همانند امامان گذشته، به اين شهر مقدس و اين پايگاه عظيم تشيع عنايت خاصي داشتند و همين عنايت ويژه سبب شد كه اين پايگاه عظيم، بسيار رشد كند و از عصر امام صادق به بعد، به عنوان پايگاه علمي شيعه در جهان اسلام مطرح شود. وجود وكلاي معصومان در اين شهر و نيز علماي بزرگي كه پيوسته مورد نظر معصومان بودند، به بعد علمي اين شهر كمك فراواني كرد. [3] .