جامعه شيعي گاهي به انحرافاتي مبتلا مي شد كه ضرورت داشت امام قاطعانه وارد عمل شود و با پيام هاي ويژه براي برخي افراد از گسترش آن جلوگيري فرمايد.

از باب نمونه، امام در برابر افراد منحرف همانند علي بن حسكه قمي كه مكتب غلات را ترويج مي كرد، به احمد بن محمد عيسي در پاسخ نامه اش مي نويسد: اينها از دين نيست؛ از او فاصله بگير. [1] .

همچنين در پاسخ برخي فرموده: اينها را ترك كنيد. خداوند لعنتشان كند و اگر يكي از اينها را در جاي خلوتي پيدا كرديد، سر او را با سنگ بشكنيد. [2] .

درباره محمد بن نصير نميري كه از غلات و داراي فساد عقيدتي و اخلاقي بود، دستور لعن و طرد او را از جامعه شيعي صادر فرمود. [3] .

همچنين دستور قتل فارس بن حاتم قزويني را صادر فرمود. [4] .

امام هادي درباره يكي از مباحث مربوط به قرآن كه مسئله سياسي روز و تبديل به دستاويزي براي زنداني يا كشتن افراد شده بود، طي نامه به محمد بن عيسي بن عبيد يقطيني، از او خواست تا پيروان و شيعيان از اين فتنه فاصله بگيرند. [5] .

امام درباره گروه صوفيه نيز موضع منفي داشت. از اين رو، در مسجد پيامبر ضمن سخنان ارزشمندي به محمد بن الحسين بن ابي الخطاب فرمود: هرگز به اين گروه فريب كار اعتنا نكنيد؛ چرا كه اينان جانشينان شيطان و خراب كننده پايه هاي دين هستند. [6] .