نماز امام هادي عليه السلام دو ركعت است: در ركعت اول سوره ي حمد و «يس» و در ركعت دوم سوره ي حمد و «الرحمن» خوانده مي شود. دعاي آن حضرت اين گونه است:

يا بار يا وصول يا شاهد كل غائب و يا قريب غير بعيد و يا غالب غير مغلوب و يا من لا يعلم كيف هو الا هو يا من لا تبلغ قدرته أسألك.

اللهم باسمك المكنون المخزون المكتوم عمن شئت الطاهر المطهر المقدس النور التام الحي القيوم العظيم نور السماوات و نور الأرضين عالم الغيب و الشهادة الكبير المتعال العظيم صل علي محمد و آل محمد.