در سال 1106 ه ق فتنه ي بزرگي در سامرا از طرف سلاطين عثماني به راه افتاد و اكثر شيعيان را قتل عام نمودند، چنان كه شهرت دارد، ديگر يك نفر از شيعيان در شهر سامرا نماند و از روي سهو يا عمد آستانه ي مقدس سامرا را آتش زدند. موقعي كه اين خبر موحش به اصفهان رسيد، شاه سلطان حسين صفوي دخالت نمود و جمعي از علما و اعيان اصفهان را به سامرا گسيل داشت كه تمام خرابي ها را ترميم نمودند و تزيين و تعميرات وسيعي را در آستانه انجام دادند. وي ضريحي از فولاد به حرم مطهر اهدا نمود و صندوق مطهر را تعمير كرد و كف حرم شريف و صحن را با سنگ مرمر مفروش داشت.