در اواخر زمان صفويه به جهت عدم توجه و مراقبت خدام حرم براي سومين بار آتش شمع در چوبهاي ضريح و صندوق قبور اثر كرده آنها را طعمه آتش سوزي ساخته و از بين برد و چون خبر به پادشاه صفوي رسيد درصدد تعمير آن برآمد. عمارت دهم در زمان سلطنت شاه سلطان حسين آخرين پادشاه صفويه در سال 1106 انجام گرديد اين تعميرات عبارت بود از ساختن ضريح منور از فولاد و سنگ فرش حرم و رواق و… ميرمصطفي تفرشي نقل ميكند: چون شاه سلطان حسين ضريح و صندوق منور را ساخت آنها را با عده زيادي از علما و اعيان به سامره فرستاد و در روز ورود و نصب جشني شايان گرفته، خطبا و شعرا در فضايل اهلبيت عليهم السلام خطبهها خوانده و قصايد زيادي سرودند و اين ضريح هماكنون باقي و در كمال استحكام و متانت است. شاه سلطان حسن فرزند شاه سليمان صفوي در 1105 به سلطنت رسيده و در جمعه 12 محرم 1135 پس از حمله افغان به اصفهان خود را از سلطنت خلع كرده و در 1139 به دست محمود افغان كشته شد و جنازه او به قم حمل گرديده در بقعهاي جنب شاه عباس ثاني صفوي مدفون گرديد. در اين بقعه قبور شاه سليمان و شاه طهماسب ثاني فرزند شاه سلطان حسين نيز واقع است و بر روي اين سه قبر صندوقي قرار دادهاند. از آثار شاه سلطان حسين صفوي تعمير عمارت چهل ستون پس از سوختن آن و ساختمان فرحآباد و كاروانسرا و بازارچه بلند جنب مدرسه چهارباغ و مدرسه چهارباغ اصفهان است. تعميرات چهل ستون در سال 1118 است چنانكه گويند: هزار و يكصد و هيجده ز هجرت نبوي++ گذشته بود كه آتش به چل ستون افتاد عمارت يازدهم از طرف احمدخان دنبلي از حكام آذربايجان در حدود سال 1200 قمري، تعميراتي اساسي و كامل از حرم مطهر و سرداب منور انجام گرديد. در اين تعميرات به كلي وضع ساختمان عوض شد و سرداب مطهر كه در قديم به وسيله پله و راهي تاريك به حرم متصل بود به وسيله راه ديگري مجزا شد (شرح سرداب مطهر بعدا به طور تفصيل گفته خواهد شد) ديگر از آثار احمدخان مذكور تجديد يكي از ابواب حرم ميباشد. اين تعميرات از طرف خان مذكور، به وسيله ميرزا محمدرفيع بن محمد شفيع خراساني تبريزي مستوفي الممالك مباشر او انجام گرديد و نام احمدخان و ميرزا محمدرفيع در كتيبه آنجا مسطور است. احمدخان حاكمي عادل و مهربان و از معاصرين نادرشاه افشار ميباشد كه در نواحي خوي و سلماس و تبريز حكومت داشته و در روز يكشنبه 14 ربيع الاول سال 1200 قمري در جنگ با كريمخان زند كشته شد و پس از او فرزندش حسينقلي خان حكومت نمود. پس از آنكه احمدخان كشته شد حسينقلي خان جنازه پدر را با هزار نفر سوار و عدهاي از وجوه علما و سادات و قراء با عزت و احترام تمام به سامرا نقل نمود و او را در سردابي كه براي مدفن خويش تهيه كرده بود دفن نمود. عمارت دوازدهم به وسيله حسينقلي خان دنبلي در سال 1225 انجام گرديد. تعميراتي كه به وسيله احمدخان در حرم مطهر انجام گرديد به مناسبت كشته شدن مشاراليه ناقص ماند پس از او فرزندش حسينقلي خان امر به اتمام تعميرات داد و گنبد مطهر را به كاشي مزين نمود علاوه بر آن مسجدي و حمامي و كاروانسرايي جهت زوار احداث كرد و اين تعميرات كه در زمان احمدخان و فرزندش در سامرا انجام گرديد به دست علامه جليل مرحوم ميرزا محمد سلماسي و فرزندش شيخ زينالعابدين بوده است. شرح احوالات و خدمات اين خانواده از حكمرانان شيعه را عبدالرزاق بن نجفقلي دنبلي متوفاي سال 1243 قمري در كتاب رياض الجنه كه به فارسي تاليف شده است جمعآوري نموده است. عمارت سيزدهم به امر و دستور ناصرالدين شاه قاجار در سال 1282 به نظارت علامه بزرگوار مرحوم شيخ عبدالحسين طهراني معروف به شيخ العراقين انجام گرديد. اين تعميرات از كليه جهات بر همه تعميراتي كه در اين آستانه مباركه انجام گرديده بود مهمتر و كليتر ميباشد و فهرست كارهاي انجام شده در اين مرتبه به قرار زير ميباشد: 1 – طلاكاري قبه منوره. 2 – تعمير صحن و ايوان مبارك. 3 – به كار بردن سنگهاي مرمر سبزرنگ در اطراف مرقد مطهر. 4 – ترميم قسمتي از ديوارهاي صحن مبارك و كاشي كردن آنها.