سرانجام توطئه دشمنان امام هادي (ع) به ثمر رسيد و امام را به دستور معتزّ مسموم كردند. ابو دعامه مي گويد: «امام در بستر بيماري بود و من براي عيادت نزد ايشان رفتم. هنگام بازگشت، فرمود: چون براي عيادت من آمدي، برگردن من حقّي پيدا كردي و رعايت حق تو بر من واجب است. او در بستر بيماري آرميده بود و شيعيان به ديدار امام مي آمدند. آن حضرت به صورت كتبي و شفاهي، امام پس از خود را به آنان معرفي كرد تا پس از شهادت او، شيعيان دچار سرگرداني نشوند». امام هادي (ع) در سوم رجب سال 254ق به شهادت رسيد.احمد بن داود مي گويد: «همراه عدّه اي از جمله محمد بن اسحاق اموال بسياري را كه خمس و نذورات مردم قم بود، با خود به قصد تحويل دادن به ابوالحسن مي بردم. هنگامي كه به مقصد رسيديم، مردي كه بر شتري سوار بود، پيش ما آمد و گفت: اي احمد بن داود و اي محمد بن اسحاق! من حامل نامه اي از سرورتان ابوالحسن هستم كه براي شما نگاشته است مبني بر اينكه من امشب به سوي بارگاه الهي رخت بر مي بندم. پس، احتياط كنيد تا دستور فرزندم حسن (ع) به شما برسد». ما با شنيدن اين خبر، بسيار ناراحت شديم و گريستيم؛ ولي اين خبر را از ديگران كه با ما بودند، مخفي داشتيم. به خانه امام هادي (ع) وارد شديم. شخصي ما دو نفر را صدا زد و گفت: اي احمد و اي محمد! اين نامه را بگيريد. در آن نوشته شده بود: «به نام خداوند بخشايشگر مهرورز. از بنده اميدوار به رحمت خدا، حسن، به شيعيان و پيروان سوگوارش. اما بعد، خداي را برآنچه بر ما فرو فرستاد، سپاس مي گويم و او را براي صبر زيبايي كه به شما ارزاني داشت، شكر مي كنم؛ چرا كه او براي ما و شما، كافي است و برترين پشتيبان است».