در مطلع قرن سيزدهم هجري تعميرات آستانه ي سامرا توسط احمد خان برمكي آل دنبلي، از امراي آذربايجان شروع شد. او احمد خان ميرزا محمد رفيع فرزند ميرزا محمد شفيع مستوفي الممالك را با مبالغي عظيم از وجوه نقدي به سامرا گسيل داشت. در سال 1200 هجري قمري به مباشرت وكيل وي، شيخ محمد آل سلماسي و فرزند او شيخ زين العابدين كاظمي آل سلماسي، تعميرات وسيعي را در صحن، حرم و سرداب غيبت انجام دادند؛ ولي اجل به احمد خان مهلت نداد. سپس فرزند وي حسين خان برمكي آل دنبلي اين كار عظيم ميرزا محمد تقي خان اميركبير در سال 1268 هجري قمري شيخ عبدالحسين شيخ العراقين (م 1286 ه. ق) كه وصي وي بر ثلث ماترك بود، اموال مذكور را صرف تعميرات عتبات مقدسه ي عراق نمود. از جمله در آستانه ي سامرا صحن شريف را توسعه داد و پس از تعميراتي در حرم، ضريح نقره اي بر مزار مقدس نهاد و به همت او گنبد آستانه ي سامرا طلاپوشي شد و صحن و گلدسته ها و سرداب غيبت كاشيكاري گرديد. كف حرم و صحن با سنگ مرمر مفروش شد. شروع اين تعميرات در سال 1270 ه. ق و پايان آن در سال 1286ه. ق بود. بعضي از مورخان به اشتباه، اين تعميرات را به ناصرالدين شاه قاجار نسبت داده اند.