چنانكه در كشف الغمه و فصول المهمه و نورالابصار و بحارالانوار و ديگر كتب تواريخ و اخبار رقم كرده اند، سبب احضار نمودن متوكل عباسي حضرت امام علي نقي صلوات الله عليه را از مدينه طيبه به بغداد و سامره اين بود كه عبدالله بن محمد در مدينة الرسول صلي الله عليه وآله از جانب متوكل متولي امر حرب و نماز بود و به اقتضاي خباثت فطرت و خساست سجيت اغلب اوقات از آزار و اذيت به آن حضرت مضايقت نداشت و آخرالامر نامه به متوكل نوشت و از آن حضرت بسي سعايت نمود و ضمناً در قلم آورد كه اگر تو را به مكه و مدينه حاجتي هست، علي بن محمد را از اين ديار بيرون بر، چه اكثر مردم اين نواحي را مطيع و منقاد خود ساخته است. به روايت اول كه از آن حضرت سعايت كرد و امام عليه السلام از سعايت فساد او مستحضر شد و بدانست كه موجب اذيت و اضرار آن خليفه شقاوت شعار نسبت به آن حضرت خواهد شد نامه به متوكل مرقوم فرمود و در آن نامه مندرج ساخت والي مدينه نسبت به من اذيت و آزار مي رساند و آنچه در حق من نوشته است محض كذب و افترا است. چون اين نامه مبارك به متوكل رسيد برحسب تقاضاي وقت و خبث و نفاق در جواب آن حضرت نامه در كمال مهر و شفقت برنگاشت و در شرايط تكريم و تعظيم آن امام والامقام عليه السلام هيچ فروگذار نكرد و نيز بنوشت كه چون مطلع شديم كه محمد بن عبدالله نسبت به آن حضرت سلوك ناموافقي مرعي داشته است، لهذا منصب او را تغيير داديم و محمد بن فضل را به جاي او نصب كرديم و او را بسي تأكيد نموديم كه در اعزاز و اكرام آن حضرت قصور ننمايد و در تبجيل و تجليل تو بكوشد و به امر و نهي تو گوش سپارد و اين كردار را اسباب تقرب به خدا و تقرب به اميرالمؤمنين شمارد و نيز در بحارالانوار از عيون المعجزات منقول است كه بريحه عباسي آن نامه را به متوكل نوشت و از عبدالله بن محمد نام نمي برد.