مرحوم محدث قمي قدس سره در منتهي الآمال مي نويسد:

هنگامي كه امام جواد عليه السلام آماده ي سفر به سوي بغداد شد، حضرت امام علي النقي عليه السلام را خليفه و جانشين خود قرار داد و در حضور بزرگان شيعه كه مورد وثوق آن بزرگوار بودند درباره ي امامت حضرت علي النقي تنصيص و تصريح كرد، كتبي كه حاوي علوم و اسرار الهي بودند، با اسلحه و آثار حضرت محمد صلي الله عليه و آله و سلم به حضرت امام علي النقي تسليم نمود. [1] .

حضرت در سال 220 هجري، پس از شهادت پدر بزرگوارش، امام جواد عليه السلام عهده دار امامت شد. در آن هنگام حضرت هادي عليه السلام نه سال داشت. بيشتر و كم تر نيز گفته اند.

هنگامي كه منصب پر افتخار امامت به حضرت منتقل شد، مدت دو سال از خلافت معتصم عباسي گذشته بود.